През 1894 г. се случило потресаващо събитие в живота на Бадиуззаман. Валиятана град Ван прочел в един от местните вестници съобщение, в което се споменавало, че ”с копие от Корана в ръка британският министър на колониитеГладстон заявил в реч пред депутатите в Камарата на общините: “Докато този Коран продължава да съществува, Европа не ще може да господства над Изтока и самата тя не ще има покой. Затова неизбежно трябва или да го ликвидираме, или да прекратим връзката на мюсюлманите с него.” Тази информация разтърсила дълбоко съществуването на Бадиуззаман и всяла у него тревога. Той обявил: “Аз непременно ще докажа на целия свят, че Свещеният Коран е духовно слънце с блясък, който не помръква и не е възможно да се угаси светлината му.” Отпътувал за Истанбул и предложил проект за създаване вИзточна Анадола на ислямски университет, който той нарекъл “Училище Аз-Захра”, с цел да се разпространяват на истините за исляма, като наред с религиозното обучение програмата включвала изучаване на модерните науки в светлината на следното му известно изказване: “Религиозните науки са светлината на сърцето, а модерните науки са светлината на разума. Когато те се съчетаят, се изяснява истината, а когато се разделят, се пораждат хитрости и съмнения в едното и позорен фанатизъм в другото.”

Първоначално не успял да убеди отговорните лица да приемат проекта му, но впоследствие султан Мехмед V го утвърдил и отпуснал средства за построяване на училището. Обаче избухването на Първата световна война попречило проектът да се доведе докрай. По време на войната Бадиуззаман организирал опълченски чети от свои ученици и доброволци, и ръководел много сражения срещу вражеските руски сили на Кавказкия фронт, с което предизвикал възхитата на пълководците и похвалите им за постигнатите успехи.

На полесраженията той написал на арабски език ценното си тълкуване на Корана “Знаци на чудното красноречие в източниците на лаконизма”. После попаднал в руски плен и го закарали в Кострома, в Северна Русия, къдетопрекарал две години и четири месеца, докато успял да избяга с Божията промисъл и през Варшава да се завърне в Истанбул. Бил посрещнат великолепноот султана, духовния водач, върховния главнокомандващ и студентите по правни науки. Наградили го с военен медал и издали заповед за назначаването му за член на Дома на ислямската мъдрост, който бил най-високата научна институция в Османската държава. През този период той отпечатал дванайсет трактата в подкрепа на вярата и в отговор на разрушителните идеи и на отклоняващите се от правдата течения. От хонорарите, които получавал, задържал малко, а останалото изразходвал за отпечатване на трудовете си и забезплатното им разпространение сред хората в служба на исляма и на мюсюлманите.