El ser el objeto de acusaciones en contra de su meta y su intención fueron, de hecho, una característica invariable d el d estino d e Bed iu zzaman. Cu and o los grand es tumultos del 31 de marzo, 1909, tuvieron lugar, él estaba arrestad o y fu e enju iciad o ante u n tribu nal militar acusado de incitar el gran alboroto, aunque él había hecho un intento, y hasta cierto punto ingeniado, para apaciguar los acontecimientos. Mientras los cuerpos colgantes de los convictos ajusticiados se vieron a través d e las ventanas d el cu ar to d el consejo d e gu er ra,Bediuzzaman hizo u na d efensa heroíca y al fin fu e declarado inocente.

Desp u és d e la p r imer a p a r t e d e u n a ser ie d e absolu cion es, Bed iu zzaman Said Nu r si r egr esó a Anatolia del éste, visitó las provincias remotas y clarificando a las personas qu e el movimiento d e liber tad qu e comenzaban a emerger en el país no era contrario a Islam. Él les dijo que todas las clases de dictadura fueron rechazadas por las Leyes Sagr ad as, las cu ales ser ían alimen to y manifestarían sus virtudes en una atmósfera libre. Más tarde él coleccionó estos discursos en un libro titulado, Los Debates.

En el invierno de 1911, Bediuzzaman fue a Damasco y presentó un sermón en la mezquita Umayyad a una audiencia incluyendo a cien eruditas bien conocidos, explicando que la civilización verdadera contenida en Islam dominaría al mundo moderno. Después él fue a Istanbul otra vez, para continuar sus esfuerzos para establecer una universidad en el éste Anatolia. Como el representante de las provincias del éste, él acompaño a Sultan Resad en su viaje en Rumelia y cuando estaban en Kosovo, Metohija, dónde el Sultan pensaba establecer una universidad, Bediuzzaman le dijo a él, «El este está en más necesidad de una universidad, porque es el centro del mundo musulmán». Así convenció a Sultan Resad a designar diecinueve mil liras de oro, y luego fu e a Van y colocó la fu nd ación d e la u niversid ad .

Desafortunadamente, la construcción no fue complete p or cau sa d e la Gu er r a Mu n d ial qu e p ron to se manifestó.