Nooit vervloekte hij de verantwoordelijken. En ook dit weerhield hem er niet van de Risale-i Nur te schrijven. Het was in deze gevangenis dat hij het stuk schreef getiteld: "Elhüccetüzzehrâ", het Stralende Bewijs. Hier deed hij ook zijn befaamde verdediging aan het Arrondissement van Afyon. Deze bevatte sublieme waarheden en herhaalde de geschiedenis van zijn verdedigingen. Hij schreef het supplement voor het hoger beroep. Hij verzond petities, verklaringen en declaraties naar het Directoraat van Godsdienstige Zaken en naar de Overheid, Ministeries en Politie. Tijdens zijn gevangenschap schreef hij erg waardevolle brieven aan zijn studenten, stelde gedragsregels op en gaf hen raad. Al deze brieven zijn verzameld in de "Twaalfde, Dertiende en Veertiende Straal".
De periode van de "Derde Said" (1950-1960)
Op 20 november 1949 ging Bediüzzaman voor de tweede keer naar Emirdağ. Hier schreef hij de studenten van de Risale-i Nur brieven die zulke waardevolle kennis bevat dat het in goud geschreven zou moeten worden. Zij zijn inbegrepen in het werk "Emirdağ Lahikası". Ongeveer twee jaar bleef Bediüzzaman in Emirdağ. Tot 1950 had hij geen toestemming om vanaf zijn verplichte woonplaats ook maar ergens naar toe te gaan. Hij mocht zelfs niet naar een nabijgelegen dorp. In 1951 ging hij naar Eskişehir en verbleef anderhalve maand in het "Yıldız" Hotel.
Daar hield hij lezingen aan de studenten van de Risale-i Nur. Daaropvolgend ging hij naar Isparta, waar hij ongeveer twee en een halve maand verbleef en toen naar Istanbul werd geroepen voor de rechtszaak van zijn werk "Gençlik Rehberi", Leidraad voor de Jongeren. In januari 1952 kwam hij aan in Istanbul.