Zonder  ook  maar  een moment van zijn kostbare tijd te verspillen, schreef hij de Risale-i Nur, welke de waarheden van de Qur'an en het geloof onderwijst. Deze werken werden in het geheim verspreid. In 1934 werd hij verbannen van Barla naar Isparta. Op 27 april 1935 werd hij daar gearresteerd en geboeid samen met 120 van zijn studenten in een vrachtwagen overgebracht naar Eskişehir. Hij werd in een isolatiecel gestopt  en  onderworpen aan  verschillende  kwellingen.  Daar  schreef  hij  echter  de  "Dertigste  Flits"  en  de "Eerste  en Tweede Straal". Voor de veroordeling van Bediüzzaman was er tijdens de rechtszitting echter geen bewijsmateriaal te vinden, maar desondanks werd hij volledig onbewezen veroordeeld tot een gevangenisstraf van elf maanden. Daarnaast werden vijftien van zijn studenten veroordeeld tot zes maanden en honderdenvijf van hen werden vrijgesproken.

Op 27 maart 1936 werd Bediüzzaman vrijgesproken en overgeplaatst naar Kastamonu. Daar moest hij verblijven in een politiebureau. Na een tijdje werd hij gevestigd in een huis tegenover het politiebureau. Acht jaar lang werd hij hier onder streng toezicht en zware onderdrukking in ballingschap gehouden. Ook hier bleef hij niet stil zitten en ging in het geheim door met de publicatie van de lichten van de Qur'an. Hier schreef hij de "Derde Straal" genaamd "Smeekbede", en de "Zevende Straal" genaamd "Het Grootste Teken". In deze periode vond er een constante briefwisseling plaats tussen hem en zijn studenten in en om Isparta. Deze brieven gaven ophelderende aanbevelingen aan zijn studenten en tevens beantwoordde Bediüzzaman op deze wijze de vragen van zijn studenten.

Sommige van deze brieven werden verzameld en gepubliceerd onder de naam "Kastamonu Lahikası", brieven van Kastamonu. Op  20  september  1943  werd  Bediüzzaman  samen  met  120  van  zijn  studenten  overgeplaatst  van  Kastamonu naar het Gerechtshof van Denizli. Hier werd hij berecht voor het organiseren van een geheime beweging en het oprichten van een Soefibeweging. Zijn werken werden in detail onderzocht door een commissie van deskundigen, wat leidde tot een vrijsprekend rapport. Bediüzzaman hield in deze rechtszaal een meesterlijke verdediging. Op 16 juni 1944 oordeelde het Hof van Denizli tot vrijspraak van iedereen. Op 30 december 1944 werd dit in hoger beroep bekrachtigd en werd de zaak gesloten. Echter deze uitspraak liet negen maanden op zich wachten en in deze periode probeerde ze Bediüzzaman te vergiftigen waardoor hij in coma geraakte. Op het moment dat alle hoop  werd  opgegeven,  smeekte  zijn  student,  Hafız  Ali,  tot  de  Almachtige  God:  "O  mijn  God!  Neem  mij  in  zijn plaats!" Dit oprecht gebed werd aanvaard. Hafız Ali werd ziek en stierf in plaats van Bediüzzaman, waarna de Almachtige God de gezondheid van Bediüzzaman herstelde. In de gevangenis van Denizli schreef Bediüzzaman de uiteenzetting "Meyve Risalesi", de Vruchten van Geloof. Bij het lezen van deze uiteenzetting kwamen veel van de gevangen opnieuw tot het geloof.