Na zijn vrijspraak in juni verbleef Bediüzzaman nog twee maanden in het "Denizli Şehir" Hotel. Echter op bevel van Ankara werd hij in augustus naar Emirdağ gestuurd. In Emirdağ werd Bediüzzaman onder constant toezicht geplaatst en werd hij belet contact te hebben met zijn bezoekers. Als hij op het platteland rondliep werd hij gevolgd door de politie en gendarme. Een keer werd hij benaderd door een ambtenaar die op een bazige en beledigende manier eiste om uitleg waarom hij een tulband droeg. De ambtenaar nam hem mee naar het politiebureau waar hij zeer slecht werd behandeld. Bediüzzaman gaf aan dat één dag leed, die hij in Emirdağ moest ondergaan, gelijk was aan een maand in de gevangenis van Denizli. Zo werd er gif gedaan in het voedsel dat Bediüzzaman 's-nachts
op de rand van het venster had geplaatst. Hierdoor werd Bediüz-zaman erg ziek waarop hij de smeekbeden Jawshan al-kabir, Sakina en Zegeningen voor de profeet (vzmh) begon te lezen. De geestelijke invloed van deze smeekbeden gebruikte hij als bemiddelaar wat hem redde van een gewisse dood.
Op 23 december 1947 werd Bediüzzaman in Emirdağ gearresteerd en belande hij in de gevangenis van Afyon.
Op 6 december 1947 werd hij op basis van zwak bewijsmateriaal door het Arrondissement van Afyon veroordeeld tot een gevangenisstraf van twintig maanden. De rechtszaak werd vervolgens in hoger beroep behandeld, welke besliste dat aangezien de vrijspraak voor de zelfde tenlastelegging door het Hof van Denizli is bekrachtigd, ook al zou dat oordeel in gebreke zijn, dan noch kan dezelfde rechtszaak niet opnieuw behandeld worden." Zodoende verwierp het de uitspraak van het Arrondissement van Afyon. Desondanks besliste het Arrondissement van Afyon het opnieuw te proberen. De gedaagden eisten dat het besluit van het Hoger Beroep werd aangehouden, maar op voorwendsel van de voltooiing van sommige fouten in de vorige rechtszaak, begon het Arrondissement opnieuw
met een onderzoek. Zodoende werd Bediüzzaman toch nog vastgehouden. De herbehandeling duurde maanden en nadat hij de volledige twintig maanden cel van zijn originele straf had uitgezeten, welke eigenlijk al was vernietigd, werd Bediüzzaman op 20 september 1949 ontslagen van de Gevangenis in Afyon.