Tijdens de aanval van de Russen op Anatolië, hielden Be-diüzzaman en zijn studenten in Gevaş de Russen tegen zodat de vluchtende mensen en hun families niet in Russische handen zouden vallen. Zodoende wist hij de bevolking van Van uit handen van de Russen te houden. Toen de Russen Van en Bitlis bezetten, wisten Bediüzzaman en zijn studenten dertig grote kanonnen uit de handen van de Russen te houden en verhinderden zo dat Bitlis veroverd zou worden. Zodoende wist Bediüzzaman en zijn studenten ditmaal de bevolking van Bitlis uit de handen van de Russen te houden. Tijdens gevechten in de voorlinie dicteerde hij de Qur'an commentaar: "Isharatoel-iedjaz", welke werd opgeschreven door Habib, zijn student en schrijver. In Bitlis viel Bediüzzaman in een waterbuis en brak zijn

enkel.  Drieëndertig  uur  verbleef  hij  in  het  water  voordat  hij  gevangen  werd  genomen  door  de  Russen.  Hij  werd gestuurd naar een concentratiekamp in Kosturma aan de Rivier de Wolga, waar hij twee jaar verbleef.

Op een dag, tijdens zijn verblijf in het concentratiekamp, kwam de opperbevelhebber van het Russische leger Nicolaas Nikolajevitsj Romanov op inspectie. Alle gevangenen stonden op, behalve Bediüzzaman. Dit trok de aandacht van Nicolaas Nikolajevitsj. Met behulp van een tolk vroeg hij Bediüzzaman waarom hij niet opstond. Hierop antwoordde Bediüzzaman: "Ik ben een Moslimgeleerde. Ik heb geloof in mijn hart. Een gelovige is superieur aan een persoon zonder. Als ik opstaan ben ik oneerbiedig tegen mijn geloof. Daarom stond ik niet op." Nikolaas II voelde zich beledigd en besloot Bediüzzaman voor het Krijgshof te laten komen Het Krijgshof veroordeelde Bediüzzaman voor het beledigen van het Russische leger en indirect ook de Tsaar. Bediüzzaman zou worden geëxecuteerd. Toen Bediüzzaman hierover werd geïnformeerd, antwoordde hij: "Mijn executie is als een paspoort om af te reizen  naar  het  hiernamaals."  Hij  hechtte  geen  belang  aan  het  besluit  en  verzocht  alleen  om  een  kort  gebed  te mogen verrichten. Na het uitvoeren van dit gebed zij de opperbevelhebber, die hem gadesloeg, vol berouw voor zijn gedrag: "Vergeef me! Ik dacht dat u zich zo gedroeg om mij te beledigen en daarom handelde ik op deze wijze. Ik realiseer me nu dat u slechts volgens de vereisten van uw geloof heeft gehandeld. Uw straf wordt ingetrokken. Ik bewonder uw standvastigheid in uw geloof. Nogmaals, ik verontschuldig me." Na twee jaar gevangenschap wist Bediüzzaman te ontsnappen. Zonder enige kennis van de Russische taal legde hij in een paar dagen een afstand af die te voet normaliter maanden zou duren. Via Warschau en Wenen keerde hij terug naar Istanbul. Voor zijn bijdrage aan de oorlog werd hem bij aankomst, op aanbeveling van het leger, een Medaille toegekend.  Daarnaast  kreeg  hij  een  aanstelling  bij  de  Darü'l-hikmeti'l-Islamiye,  een  vraagbaak  be staande uit de hoogste geleerden. Zijn benoeming tot de rang van `Mah-rec' werd verordend door de Kalief, en aangekondigd door de Sjeik al-Islam.