Koste wat het kost moeten we de Qur'an uit hun handen nemen." Dit maakte veel los bij Bediüzzaman waarop hij verklaarde: "Ik zal de wereld bewijzen en aantonen dat de Koran geen stervende en dovende zon is!" In 1907 ging Bediüzzaman naar Istanbul. Hij zocht steun om in Van en Diyarbakır een leerschool te stichten, een universiteit genoemd Medresetü'z-Zehra. In Istanbul, Şekerci Han, huurde hij een kamer en hing een bericht op zijn deur waarop stond: " Hier worden alle vragen beantwoord en alle probleemstellingen opgelost. Er zullen door mij echter geen vragen worden gesteld." De beroemdste geleerden van Istanbul en vele groepen studenten kwamen hem bezoeken en stelden diverse vragen, welke hij zonder aarzelen beantwoordde. Vanaf dat moment gaven de geleerden van Istanbul hem de naam Bediüzzaman, wat "Het Wonder van dit Tijdperk" betekent.

Tijdens het 31 maart incident in 1909 werd Bediüzzaman gearresteerd en moest hij verschijnen voor het Krijgshof.  De  belangrijkste  rechter  van  het  hof,  Hurşid  Paşa  beschuldigde  hem  dreigend:  "U  wilde  ook  de  Sharia  en daarom bent u betrokken bij deze zaak." Zonder teken van vrees en twijfel, antwoordde Bediüzzaman: "Als ik duizend levens zou hebben, zou ik bereid zijn om elk van hen te offeren voor één enkele kwestie van de Sharia, want de  Sharia  is  de  bron  van  welvaart,  gelukkig  leven,  ware  rechtvaardigheid  en  deugd.  Maar  niet  de  Sharia  zoals bedoeld door de mensen die in opstand zijn gekomen. Ja, ik heb elf en een halve misdaad begaan." Waarna Bediüzzaman alle diensten beschreef die hij voor het land had uitgevoerd. Hierna vroeg hij het hof of dit misdaden

waren waarvoor hij voor het hof zou moeten verschijnen. Hij leverde een uitstekende verdediging, waarna hij werd vrijgesproken. In plaats van het hof te bedanken, verliet hij het hof luid roepend: "Lang leve de hel voor alle tirannen!"  Lang bleef Bediüzzaman niet in Istanbul; hij ging naar Ba-tum en onderweg bezocht hij Tiflis. In Tiflis beklom hij de "Sjeik Sanan" heuvel. Vanaf deze heuvel was de stad goed te overzien. Op de heuvel werd hij benaderd door  een Russische politieagent waarop het volgende dialoog plaatsvond: Vraag: "Waarom bestudeert u dit gebied zo aandachtig?"  Bediüzzaman antwoordde: "Ik maak plannen voor mijn leerschool."  Vraag: "Waar komt u vandaan?"  Antwoord: "Ik kom van Bitlis."  Vraag: "Maar dit is Tiflis!"  Antwoord: "Bitlis en Tiflis zijn broers van elkaar."

De politieagent antwoordde verbaasd: "Wat bedoelt u hiermee?"

Bediüzzaman lichtte toe: "Drie lichten beginnen zich in Azië en de Islamitische wereld te ontplooien. Terwijl hier drie lagen van duisternis zullen verschijnen. Deze verduistering zal despotisme zijn en zal weer inkrimpen. Hierna zal ik komen om mijn leerschool te bouwen." De politieagent werd nog verbaasder en zei: "Ik heb medelijden met u. Ik ben verbaasd dat u zoveel hoop heeft." "En  ik  ben  verbaasd  over  uw  onbegrip!",  antwoordde  Bediüzzaman.  "Hoe  houdt  u  het  voor  mogelijk  dat  deze winter zal voortduren? Elke winter wordt gevolgd door de lente, en op elke nacht volgt een dag." "Maar de Islamitische wereld is verdeeld en versplinterd", zei de politieagent.