Lo detuvieron el 23 de diciembre de 1947 en Emirdag y fue encerrado en la cárcel de Afyon. El día 6 de diciembre de 1948 le condenaron a quedarse en la cárcel, sin tener ningún testigo por el Juzgado de lo Penal de Afyon. Esta decisión de condena se envió al Tribunal de apelación. Y la oficina del Tribunal de Apelación decidió la anulación de la pena diciendo: “como Said Nursi se liberó de la misma acusación en la cárcel de Denizli y no se puede rejuzgar una decisión de un tribunal de apelación, aunque fuera una mala decisión.” A pesar de esto el juzgado de Afyon empezó a juzgarlo de nuevo. Los inocentes querían que obedecieran la decisión del Tribunal de Apelación pero el juzgado de Afyon empezó las investigaciones con la excusa de no tener suficientes testigos o documentos. Pero las investigaciones duraban meses en terminar. Bediüzzaman fue liberado de la cárcel el día 20 de septiembre de 1949 después de pasar 20 meses en la cárcel a pesar de que la decisión fuera anulada. Pero le sometieron a más torturas que a cualquier sabio en la historia. Fue dejado en la cárcel, solo y sin cristales en las ventanas, sin estufa a pesar de que las temperaturas eran muy bajas. Quisieron matarle con inyecciones de veneno, sufrió los efectos de dichas inyecciones durante meses. No podía ni levantarse de la cama y no permitieron que nadie le ayudara. Él mantuvo la paciencia durante todas las torturas. Nunca insulto a los torturadores y continuó escribiendo los libros del Risale-i Nur.

Escribió el Risale (carta) llamado El Huccet-uz Zehra en esta cárcel. Y también escribió la defensa de Afyon que comprendía las grandes verdades y la carta del Tribunal de Apelación. Envió cartas de protesta y peticiones para acabar con su sufrimiento a la Jefatura de los Asuntos Religiosos, al Gobierno, al Estado y a la Comisaría General.  Durante el encarcelamiento  Said Nursi y sus estudiantes se escribieron cartas comprendiendo reglas y consejos  muy importantes. Algunas partes de estas  cartas y defensas se incluyeron en los “Rayos” Duodécimo y Décimotercero. El 20 de noviembre se fue por segunda vez a Emirdag donde escribió cartas a los Estudiantes de la Luz (el Risale-i Nur) tan valiosas que merecería la pena escribirlas con letras de oro. Estas cartas se escribieron en el libro “Cartas de Emirdag” (Emirdag Lahikalari). El Maestro pasó dos años en Emirdag hasta el año 1950 no fue a ningún otro lugar que no fuera el lugar al que le habían exiliado.

En 1951 se fue a Eskisehir. Se quedó en el Hotel Yildiz un mes y medio, se reunió con los estudiantes del  Risale-i Nur y juntos se fueron a Isparta. Después de estar 70 días en Isparta, el Tribunal los citó en Estambul debido al libro Guía de la Juventud (Gençlik Rehberinin). En enero de 1952 se dirigieron hacia allí. Los estudiantes del Risale-i Nur habían imprimido y distribuido esta Guía de la Juventud, habían infringido el artículo 163 de la Constitución de la República Turca (“En Turquía no se permite un Estado Islámico”). Por eso tenía que defenderse con grandes verdades y le ayudaron además 3 abogados. En la segunda vista el 5 de marzo de 1952 el Juez del Tribunal lo declaró inocente. Tras un corto tiempo volvieron a Emirdag, durante los meses de verano de 1953 se fueron a Isparta.

Escribió en su testamento que a su muerte fuese enterrado en Sav o en Barla. Formó junto a 4 o 5 alumnos de su círculo privado la Academia Nuriyelerini (la academia de los estudiantes de Risale-i Nur) en una casa alquilada. De vez en cuando iban a otros lugares, pero en esta casa vivieron en paz hasta morir, se marcharon a Urfa porque el Maestro sentía que iba a morirse y quería morir allí (por ser un lugar más religioso). Después de 8 años, fue decidido por el Juzgado de Afyon que los libros fueran investigados por el Comité de Investigación. Debido al resultado positivo de ese comité el Tribunal de lo Penal de Afyon decidió devolver los libros, el Maestro y sus estudiantes recogieron sus libros con alegría ya que habían sido retenidos durante muchos años. La Colección de Libros Risale-i Nur comenzó a imprimirse por primera vez en Ankara en 1958.  “Las Palabras” (Sözler), “Las Cartas” (mektubat),  “Los Relámpagos” (Lemalar) y su Biografía Completa tras Ankara comenzaron a publicarse en Estambul y de manera libre se intentó que se entregasen y llegasen a todas partes. El Maestro dijo: “estamos de celebración por poder imprimir y distribuir la Colección de Risale-i Nur y ya puedo morirme tranquilamente.”     

      25 años después de salir de Barla, Bediüzzaman volvió allí, el lugar dónde empezó a escribir la Colección de Risale-i Nur. Recordó los 8 inolvidables años que había vivido con  sus amistades y estudiantes leales y abnegados. Observó de nuevo los lugares donde experimentó la prosperidad divina y donde planteó y amplió la inspiración divina. No pudo aguantar sin llorar cuando se acercó a la Madraza de la Luz (Medrese-i Nuriye). Las lágrimas caían de sus sagrados ojos. Y abrazó el árbol (plátano de sombra) que había frente a su casa, donde había pasado las noches orando hasta por la mañana y había recibido la inspiración divina, de nuevo allí sus lágrimas volvieron a brotar.

      Bediüzzaman fue a Ankara invitado por sus estudiantes. Se quedó 3 días en el Hotel Beirut. Reuniendo a sus estudiantes les dió lecciones y consejos. Después de unos meses  volvieron a Ankara y alquilaron una casa en el barrio de Bahçelievler donde pasó 3 días. Muchos diputados le visitaron y pidieron consejos desde el punto de vista del Islam. Después de unos dos meses fueron a Estambul pero no se quedaron mucho allí. Dos meses antes de morir volvió a Ankara, en febrero de 1960, pero desafortunadamente el gobierno de entonces receló debido a la acusación de integrismo, y lo hicieron volver a Gobasi un pueblo a unos 20 Km. de Ankara. Después de unos días se marchó a Urfa, para morir. El 23 de marzo, en la noche vigésimoquinta del mes de Ramadán volvió a la Misericordia del Todo Compasivo, al lugar eterno. Que Allah le bendiga y que aprovechemos su prosperidad y abundancia. Amén.