Él pidió el dinero, las 19 mil monedas de oro de la construcción de la universidad de Kosovo, para la del este de Anatolia y el Sultán lo aceptó. Y los cimientos de este proyecto se empezaron a construir, pero debido al estallido de la Primera Guerra Mundial, la construcción se canceló.

Durante la Primera Guerra Mundial, Bediüzzaman Said Nursi arma a sus estudiantes y participa en la guerra como comandante de un batallón formado por el pueblo. Bediüzzaman y sus estudiantes detienen a los rusos luchando para que los niños y las mujeres no fueran hechos presos por los rusos, al escapar de la guerra. El pueblo de Van se salvó de la matanza. Cuando los rusos ocuparon Van y Mus, Bediüzzaman y sus estudiantes tomaron 30 cañones que los rusos podrían obtener, para que el pueblo de Bitlis se salvase de una masacre. Durante la batalla, en primera fila, a veces a caballo, hizo reescribir a su estudiante, su famoso libro Isaret-ül I´caz.

En Bitlis se cayó a un profundo canal de agua y se rompió un pie, fue detenido por los rusos después de quedarse en el agua 33 horas. Fue deportado a Kosturma en Siberia, por la ruta de Van-Celpa-Tiflis. Pasó dos años en un campo de prisioneros. Un día, en el campo de prisioneros, el Comandante General Nicola Nicolaevich, sobrino del Zar, inspeccionaba el campo. Cuando pasó por delante de Said Nursi le vio sentado sin ponerse de pie. Volvió a pasar otra vez por delante y Said Nursi tampoco le hizo caso. Así el comandante le preguntó si era porque no lo había reconocido. Said Nursi dijo: “Sí, usted es Nicola Nicolaevich”. “Entonces”, dijo el comandante, “¿Por qué no me tratas con el debido respeto como lo hacen los demás?”. Y Bediüzzaman Said Nursi le contestó: “soy un sabio musulmán y tengo fe en mi corazón. Cualquier persona que tiene fe en su corazón es superior a otra que no la tiene. Yo no puedo actuar contra mi creencia”. Y, se celebró un juicio militar y la decisión fue: “Ahorcarle” justo antes de la ejecución de la sentencia, Said Nursi empezó a rezar delante de todos con serenidad. Justo entonces el general entendió que no lo hizo por motivos personales, sino por su fe. Le pidió perdón y le levantó la sentencia.

Después de estar dos años en el campo de prisioneros, viajando por la ruta Varsovia-Viena, a pesar de no saber ruso,  en pocos días,  llegó a Estambul, cuando se solía tardar un año en recorrer la misma ruta. Por su ayuda en la guerra se le dió una medalla al valor, por el consejo del Ejército del Sultanato y le nombraron miembro del Consejo Islámico de los Sabios, que era la asociación de las ciencias más elevadas. La Oficina del Consejo de Sabios le entregó un certificado especial (por ser un sabio y un héroe extraordinario), otorgado por el Sultán. Bediüzzaman atacó a los ingleses que ocupaban Estambul a través de su libro llamado Hutuvat-i Sitte que contenía palabras muy fuertes e insultantes. Si le hubieran encontrado lo habrían ahorcado, Allah le protegía.

En esa época el Gobierno de Ankara se había fundado y le invitaron insistiendo en su participación. La gente del Parlamento le recibió encantada. Se le pidió que hiciera una oración, así que se levantó y la hizo, pero se dió cuenta de que había gente que no había cumplido el rezo musulmán (5 veces al día). La gente prefería el estilo europeo y se alejaba del Islam. Por eso publicó un folleto con 10 consejos, para avisarles de sus responsabilidades religiosas además de las administrativas. Bediüzzaman no aceptó ninguna de las maravillosas ofertas como ser miembro del Parlamento, ni miembro del Consejo Islámico,  ni ser el predicador general del Este, ocupando el lugar de Sayh Sinüsi, ni poseer el palacete que querían regalarle con 300 monedas de oro como salario. Él vio que las personas peligrosas y terribles, de las que había  avisado en su tiempo los Dichos del Profeta, ya habían aparecido en el mundo Islámico. El significado de los Dichos del Profeta de esa época era así: “Cuando lleguéis a esa época, no podréis vencerlos a través de la política. Sólo se les podrá hacer frente con las luces del Corán que son espadas espirituales del Corán Milagroso”.  Y aceptó ese dicho como una orden espiritual y se fue a Van en tren.

Hizó cavar en la montaña de Erek una cueva, al lado del manantial de Zernavad. Las comunidades de los alrededores de Van tenían relación con Bediüzzaman y le obedecían tanto que El Gobierno para prevenir que surgiera un problema, sacándolo de la cueva, le exilió primero a Burdur, después a Isparta y por último a Barla.