Bu kanaatı hâsıl ettiği o zamanda, ulûm-u müsbete denilen bütün fenleri tetebbua başlayarak pek kısa bir zamanda Tarih, Coğrafya, Riyaziyat, Jeoloji, Fizik, Kimya, Astronomi, Felsefe gibi ilimlerin esaslarını elde etmiştir. Bu ilimleri bir hocadan ders alarak değil, yalnız kendi mütalâası sayesinde hakkiyle anlamıştır. Meselâ; bir Coğrafya muallimini, mübaheseye girişmeden evvel, yirmi dört saat içerisinde eline geçirdiği bir coğrafya kitabını hıfzetmek sûretiyle, ertesi gün Van Valisi merhum Tahir Paşanın konağında onu ilzam eder. Ve yine aynı sûrette bir muaraza neticesinde beş gün zarfında Kimya-yı Gayr-ı Uzvîyi (İnorganik Kimya) elde ederek, Kimya muallimiyle muarazaya girişir ve onu da ilzam eder. İşte pek genç yaşındaki mezkûr harikulâdeliklere ve bahr-ı umman halinde bir ilme mâlikiyetine şahid olan ehl-i ilim, Molla Said’e “Bediüzzaman” lâkabını vermiştir. Bediüzzaman, Van’da bulunduğu müddet zarfında, o zamana kadar edindiği fikir ve mütalâalar ve ilmî ve dîni tedris usullerini görmek ile, ve zamanın ihtiyac-ı zarurîlerini nazar-ı itibara almakla kendisine mahsus bir usul-ü tedris îcad eder. Bu da, hakâik-i diniyeyi asrın fehmine uygun en yeni îzah ve beyân tarzlariyle isbat etmek sûretiyle talebelerini tenvir etmektir.

Molla Said, Van’da bulunduğu zamanlarda, ba’zı hususlarda o havalinin ulemâsına muhalif bulunuyordu. ^(Hâşiye). Bu hususlar şunlardır:

1− Kat’iyyen hiç kimseden hediye olarak para almamak ve maaş bile kabul etmemek. Evet hayatta hiçbir maddî mülkiyeti olmayıp, fakir ve kimsesiz ve dâimî nefiy ve hapislerle çok sıkıntılı ve dehşetli musîbetler içerisinde yaşadığı halde kimseden para ve mukabelesiz hediye almadığı, bilmüşahede görülmüştür.

2− Hiçbir âlimden suâl sormamak. Yirmi sene zarfında, dâima ancak sorulanlara cevab vermişti. Bu hususda kendileri derlerdi ki: “Ben ulemânın ilmini inkâr etmem; Binâenaleyh kendilerinden suâl sormak fazladır. Benim ilmimden şüphe edenler varsa sorsunlar, onlara cevab vereyim.”

Hâşiye: Aynı vaziyet, seksen senelik hayatında da devam etmiştir.