Risâle-i Nur’un teksir makinesiyle intişarı ve Anadolu’da Nurların gittikçe inkişafı karşısında bu îmani hizmeti durdurmak maksadiyle harekete geçen gizli dinsiz komiteler, hükümete evham verdirerek, aleyhte tahrikât yapıyorlar. Emirdağ, Isparta, Kastamonu, Konya, İnebolu, Safranbolu, Aydın gibi daha birçok vilâyet, kasaba ve köylerdeki Nurcuların evlerinin aranmasına emir veriliyor. Nihayet 1947 senesinin son ayında Üstad Said Nursî ve on beş kadar Nur Talebesi Emirdağ’dan alınarak Afyon’a getirilir ve sorgularını müteakip tevkif ediliyorlar. Ve diğer vilâyetlerdeki Nur Talebeleri de tevkif edilerek Afyona celbediliyor. Böylece Üçüncü Medrese-i Yûsufiyye hayatı başlıyor.

Bediüzzaman, her girdiği hapisteki mahbusları irşad eder, hapisteki bazı câniler, koyun gibi bir hâl alır. Hapiste dahi tecrid-i mutlak içinde bırakıldığı halde, hapishâne bir Nur mektebi vaziyetine girer. Bunun için, girdiği hapishânelere “Medrese-i Yûsufiyye” der. Hatta Denizli Hapishânesinde bir kısım gençler Medrese-i Yûsufiyye’den ayrılmak istemiyerek, “Bediüzzaman daha burada kalırsa, biz kendimizi suçlu gösterip ceza alacağız, ondan ayrılmıyacağız, Risâle-i Nurdan ders alacağız...” demişlerdir.

Denizli Hapsinde “Meyve Risâlesi” isimli eser te’lif edildikten sonra, hapishânede te’sirli bir ıslahat müşahede ediliyor... Bu vaziyet, düşmanları dahi takdire sevkediyor.

Risâle-i Nur’un mâhiyetini dikkat ve tefekkürle okuyarak anlayıp tahkikî bir îmana sâhib olan hâlis Nur Talebeleri; ölümden, hapisten; zindandan ve hiçbir beşerî eza ve cefadan korkmazlar. Mukaddes Kur’ân ve îman hizmetiyle, vatan ve millet ve Âlem-i İslâm ve beşeriyetin ebedî kurtuluşuna çalışırken, dinsizlerin düçar ettiği bir zulüm ve musîbetle karşılaşırlarsa, asla fütur ve ümitsizliğe düşmezler; hapislere iftihar ve memnuniyetle girerler. Onların tek bir istinâd noktaları vardır. O da, sırf rıza-yı İlâhî için, ihlâsla, Kur’ân ve îmana hizmetleridir. Ma’sûm ve mazlumların muhafızı Cenâb-ı Hakdır. Hiçbir mâniaya ehemmiyet vermiyerek, Risâle-i Nur’u okumağa ve neşretmeğe kahraman üstadları misillü feragatla çalışırlar. Bunun içindir ki, yirmi beş senelik müdhiş bir istibdâd-ı mutlak içinde Nurlara çalışan Nur Talebeleri, îman ve İslâmiyet hizmetinde sarsılmamışlardır.