Bediüzzaman; yirmi senede olduğu gibi, şu üç - dört senede de o kadar emsalsiz bir işkenceye ma’rûz kalmıştır ki, tarihte hiç bir ilim adamına bu kadar câniyane bir su-i kasd yapılmamıştır. Denizli hapsinde bir ayda çektiği sıkıntıyı, Afyonda bir günde çekmiştir! Kendisine, bütün bütün kanunsuz muameleler yapılmıştır. Hapishânede tam yirmi ay kışın, çok soğuk olan gayr-ı muntazam bir koğuş içinde yalnız bırakılarak, tecrid-i mutlak içinde imha olmasına intizar edilmiştir. Kışın en şiddetli günlerinde, hapishâne pencerelerinin iki milim buz tuttuğu zamanlarda zehir verilmiş; ihtiyar, çok hasta haliyle, aylarca ızdırab çektirilmiştir. Mübârek yatağında, bir taraftan bir tarafa dönemiyecek bir hale geldiği zamanlarda bile, hizmetine, bir talebesi olsun müsaade edilmemiştir. O korkunç şerait altında, kendi kendine ölüp gitmesi beklenmiştir. Hastalığı o kadar şiddetlenmiştir ki; günlerce birşey yiyememiş ve gıdasız kalmış ve çok zaif bir vaziyete gelmiştir. Böyle olduğu ve çok sıkı bir tarassut ve tazyikat altında bulundurulduğu halde, Risâle-i Nurun te’lifinden geri kalmamış, her hapiste olduğu gibi, burada da gizli olarak eser te’lif etmiştir. Mahpuslar; gizli gizli Risâle-i Nuru elleriyle yazıp çoğaltmışlar ve hapishâneden dışarı da çıkararak neşrini te’min etmişlerdir. Bediüzzaman, hapiste olduğu günler dahi Risâle-i Nurun neşriyatı durmamış, perde altında yüz binlerce nüshaları eski yazı ile neşretmeye -Nur Kahramanı Husrev gibi- Nur Talebeleri muvaffak olmuşlardır.

Hapishânede -zehirlenerek- ölüm döşeğinde iken, fırsat bulup ziyaretine varabilen bir talebesine şöyle demiştir: “Belki hayatta kalamayacağım, bütün mevcûdiyetim vatan, millet, gençlik ve Âlem-i İslâm ve beşerin ebedî refah ve saadeti uğrunda feda olsun. Ölürsem, dostlarım intikamımı almasınlar!”

Bediüzzaman’ın hapishâneye gelmesiyle çok müstefid olan hapislerden birisi pencereden selâm verdiği zaman, “Sen Bediüzzaman’a neden selâm verdin? Neden onun penceresine bakıyorsun?” diyerek, dayak atılmıştır. Çok mübârek ve çok sevgili Üstadlarının hasta ve çok elîm vaziyetinde gizlice fırsat bulup görüşmeye çalışan talebeleri, yakalandıkları zaman falakalara yatırılarak dayaktan geçirilmiştir. Fakat onlar bu mezalimden asla yılmamışlar, îmandan ve izzet-i İslâmiyyeden gelen bir salâbetle, o zalimler vurdukça, onlar da her vuruluşlarında “Vur! Vur!” diye bağırmışlardır.